Po zjednoczeniu Niemiec W 1990 roku doszło do zjednoczenia Niemiec. Zieloni na zachodzie Niemiec nie podzielali entuzjazmu co do zjednoczenia, obawiali się wzmocnienia władzy centralnej w Niemczech i wzrostu nacjonalizmu. W kampanii wyborczej pomijali temat zjednoczenia, ich hasło brzmiało: „Wszyscy mówią o Niemczech, my mówimy o pogodzie”. Strategia ta nie przyniosła sukcesu, partia zdobyła 4,8% i nie przekroczyła progu wyborczego w Niemczech Zachodnich. W lutym 1990 roku powołano jednak do życia Partię Zielonych w Niemczech Wschodnich. Partia weszła w koalicję z ruchami obywatelskimi, wystartowała w wyborach pod nazwą Sojusz 90/Zieloni i przekroczyła próg wyborczy na wschodzie Niemiec. Dzięki temu po fuzji wschodnich i zachodnich partii Zielonych partia miała swoich przedstawicieli w parlamencie krajowym.
3 grudnia 1990 roku, po wyborach, doszło do fuzji wschodniej i zachodniej partii Zielonych. W 1993 roku już ogólnoniemiecka partia Zielonych połączyła się z działającym we wschodnich Niemczech ugrupowaniem Sojusz 90. W tym okresie nieformalnym liderem ugrupowania stał się Joschka Fischer.