W 1994 roku partia powróciła do Bundestagu (wynik 7,3%, 49 mandatów). Od tego czasu Zieloni zmienili strategię, przestali być partią zainteresowaną wyłącznie sprawami ekologii i rozwinęli program w innych tematach, takich jak gospodarka czy polityka społeczna.
Rząd koalicyjny z SPD (1998–2005) W wyborach w 1998 roku partia nie poprawiła znacząco swojego wyniku w wyborach krajowych (6,7%, 47 mandatów), ale po wyborach weszła w koalicję z SPD. Trzech przedstawicieli Zielonych objęło stanowiska w rządzie, Joschka Fischer objął resort spraw zagranicznych, Jürgen Trittin został ministrem środowiska, Andrea Fischer została ministrem zdrowia.
Udział w rządzie doprowadził do podziałów w partii. W 1999 roku partia musiała zdecydować o poparciu Niemiec interwencji NATO w Kosowie. Było to sprzeczne z programowym pacyfizmem partii. Inną ważną decyzją była decyzja o likwidacji elektrowni atomowych. Było to zgodne z długofalowym programem partii, ale proces zamykania elektrowni był długotrwały, co rozczarowało wielu działaczy i skłoniło ich do odejścia.
W wyborach w 2002 roku partia poprawiła swój stan posiadania w Bundestagu i ponownie weszła w koalicję z SPD, politycy Zielonych weszli w skład rządu Gerharda Schrödera.