Rozkazu zburzenia murów zamkowych nie wykonano, z powodu braku środków.
XVIII–XIX wiek XVIII i XIX wiek to okres rozwoju architektonicznego Górnego Miasta, które nadal stanowiło własność biskupią. W latach 1710–1736 przebudowano od podstaw, w barokowym stylu, katedrę św. Emmerama. W latach 1731–1739 wybudowano pałac biskupi oraz wieżę zegarową, w 1764–1770 tzw. Wielkie Seminarium (rozbudowane następnie w latach 1778–1780), a w latach 1778–1779 pałac prepozytury nitrzańskiej. W roku 1786 wybrukowano ulice, przybywały rzeźby. Do końca XVIII w. Górne Miasto nabrało wyglądu podobnemu dzisiejszemu. Pożar w roku 1793 zniszczył klasztor franciszkanów i sąsiednie zabudowania, co wykorzystano do jego przebudowy. W 1818-1821 biskup Kluch wybudował pałac w stylu empire.
Obywatele Dolnego Miasta, z wyjątkiem szlachty, pozostawali w zależności od biskupstwa nitrzańskiego aż do zniesienia pańszczyzny w roku 1848. Mieli obowiązek odpracowywania 3 dni w tygodniu na rzecz pana, płacenia dziesięciny z winnic oraz obowiązek kupowania piwa z pańskiego browaru, mięsa z pańskich jatek, soli z pańskiego składu, a w zimie wina wyłącznie w pańskich karczmach. Swoje wino mogli sprzedawać tylko w lecie. Oprócz tego mieszczanie płacili wspólny czynsz za obrabianą ziemię i oddawali połowę dochodów z opłat targowych.