Czasy nowożytne Sytuacja mieszczan uległa znaczącemu pogorszeniu ekonomicznemu i prawnemu pod koniec XV w., kiedy to biskupi zaczęli wykorzystywać miasto wyłącznie jako źródło prywatnych dochodów. Mieszczanie byli zmuszani do pańszczyzny, biskupi przestali respektować uprawnienia rady miejskiej, miasto utraciło też dochody z podatków. W 1538 r. Nitra przeszła w ręce magnackiego rodu Thurzonów, którego członkowie obsadzali zarówno godność biskupa, jak i królewskiego zarządcy miasta (kapituły) i traktowali miasto i obywateli jak swoją własność. W 1553 r. w pożarze spłonął dom wójta, a wraz z nim dokumenty poświadczające przywileje miejskie. Thurzovie oddali Nitrę królowi w 1556 r. Spory o zyski z miasta między biskupem a zarządcą kapituły trwały do końca XVIII w.
W 1545 r. rozpoczęto budowę umocnień miejskich, nigdy jednak nie wzniesiono murów dookoła Dolnego Miasta, a jedynie bramę miejską (tzw. Turecka Brama). W latach 1663–1664 Nitra była okupowana przez wojska tureckie. Wypędzenie Turków w 1664 r. odbyło się kosztem zniszczenia miasta i zamku. Zamek w dzisiejszym kształcie odbudowano w 1673 r. Otrzymał on załogę złożoną z wojsk cesarskich, co było przyczyną stałych konfliktów i awantur między mieszczanami a żołnierzami. W 1701 r. załoga cesarska opuściła Nitrę.