Po upadku politycznym Wielkich Moraw gród zachowuje swoje znaczenie jako stolica regionu. Między 907 a 920 r. Nitra została opanowana przez wojska węgierskie, a jej zdobycie skutkowało podporządkowaniem księciu Arpadowi i jego następcom całego obszaru zachodniej Słowacji. Od tego czasu Nitra należała do domen dynastii Arpadów, a gród był siedzibą księcia nitrzańskiego, zwykle następcy tronu Węgier. Zachowano tym tradycję pochodzącą jeszcze z czasów książąt wielkomorawskich. Na lata 20.-30. X w. datuje się też napływ węgierskiego osadnictwa na obszary dzisiejszej południowej Słowacji, w tym rejon Nitry, miasto zachowało jednak słowiański charakter. W drugiej połowie X w. (ok. 955-987), w wyniku osłabienia władzy spowodowanego klęska Węgrów na Lechowym polu, gród i region Nitry prawdopodobnie dostał się pod panowanie czeskie. Odzyskany przez Węgrów pod koniec X w., na początku XI w. (około 1001) gród dostał się wraz z obszarem dzisiejszej Słowacji pod panowanie Bolesława Chrobrego, jednak nadal władał w nim książę z dynastii Arpadów – Władysław Łysy. Nitra powróciła pod panowanie węgierskie w 1029 r. W latach panowania polskiego w Nitrze w opactwie św. Hipolita przebywał św. Andrzej-Świerad, pustelnik pochodzący z Opatowca nad Wisłą.