W pierwszej połowie XI w. gród nitrzański uległ spaleniu. Nowe umocnienia wybudowano w latach 1046–1060. Wtedy też najprawdopodobniej umocniono i podgrodzie. W 2. poł. XI w. wał drewniano-ziemny grodu zastąpiono murem kamiennym, jednym z najwcześniejszych murowanych umocnień na terenie dawnego Królestwa Węgierskiego.
W latach 1048–1108 Nitra stanowiła siedzibę tzw. pogranicznego województwa (ducatus), obejmującego 15 komitatów górnowęgierskich, i siedzibę następcy tronu Węgier. W 1110 r. król węgierski Koloman odnowił biskupstwo nitrzańskie podlegające arcybiskupstwu w Ostrzyhomiu. Na skutek reform administracyjnych prowadzonych od końca XI w. i w XII w. (wydzielanie nowych komitatów) księstwo nitrzańskie uległo rozkładowi (zlikwidowane w 1108 r.) i stało się jednym z wielu komitatów Górnych Węgier.