W 1990 w pierwszych wielopartyjnych wyborach w Bośni i Hercegowinie został wybrany do Zgromadzenia Socjalistycznej Republiki Bośni i Hercegowiny jako kandydat (Savez reformskih snaga Jugoslavije, SRSJ) i był politycznym uczniem liberalnego reformatora, premiera Jugosławii Ante Markovicia. Podczas wojny w Bośni Dodik był posłem do Zgromadzenia Narodowego Republiki Serbskiej.
W 1993 Dodik utworzył Klub Niezależnych Posłów (Klub nezavisnih poslanika u Narodnoj Skupštini Republike Srpske), który był jedyną opozycją polityczną wobec Serbskiej Partii Demokratycznej (Srpska demokratska stranka, SDS) i jej koalicjantów, którzy w czasie wojny posiadali absolutną większość w parlamencie Republiki Serbskiej. Klub, któremu przewodniczył, stał się trzonem dla utworzenia w 1996 Partii Niezależnych Socjaldemokratów (Stranka nezavisnih socijaldemokrata, SNSD). Miało to miejsce po podpisaniu pokoju na mocy układu w Dayton. Dodik został wybrany na pierwszego prezesa SNSD. Partia ta połączyła się w późniejszych latach z Partią Socjalno-Liberalną, Partią Demokratyczną na rzecz Banja Luki i Krajiny, Nową Partią Robotniczą, a 1 maja 2002 roku z Demokratyczną Partią Socjalistyczną, tworząc , którego przewodniczącym został Dodik. Premier Republiki Serbskiej (1998–2001) W lipcu 1997 rozpoczął się trwający pół roku .