Od tego czasu stacja Shinjuku stała się węzłem kolejowym.
Tereny dawnego majątku Naitō przekształcono w park Shinjuku (Shinjuku Gyo-en), otwarty w 1906 roku.
Kōshū-kaidō uzyskała wiadukt nad torami kolei prawdopodobnie przed 1915 r., a oś drogi do Tokorozawy została natomiast odkształcona, wskutek budowy wiaduktu kolejowego nieco dalej na północ. Przekroczenie to zostało wykorzystane przez dzisiejszą Yasukuni-dōri, doprowadzoną do Shinjuku ok. 1940 roku.
Trasa tramwaju podmiejskiego Keiō, prowadzona wzdłuż Kōshū-kaidō dotarła do Shinjuku w 1915 roku. W tym czasie przedmieście było już obsługiwane od strony miasta liniami tramwajów tokijskich. Na ostatnim odcinku linia wiodła środkiem jezdni i kończyła się na wspomnianym rozwidleniu obu dróg. W latach 30. XX w. zbudowano dla niej duży dworzec, użytkowany do 1945 roku. W 1927 r. doszła osobna linia elektrycznej kolejki dojazdowej Odawara Kyūkō (obecnie Odakyū), prowadzona własnym korytarzem kończącym się dworcem położonym równolegle do stacji Kokutetsu. Były też dwie inne linie tramwajów podmiejskich, dochodzące od północnego zachodu.
Dzisiejsza dzielnica Shinjuku-ku została utworzona w 1947 roku, poprzez połączenie dzielnic: Yotsuya, Ushigome i Yodobashi.