Konflikt między Zé Pequeno a mieszkańcem faweli Knockout Nedem rozpoczyna się po tym, jak gang Zé napada na dom Neda i gwałci jego partnerkę. Ned początkowo nie chce angażować się w przestępczość, lecz ostatecznie dołącza do rywalizującego gangu i rozpoczyna wojnę przeciwko Zé Pequeno. Walki szybko obejmują całą dzielnicę, do gangów dołączają nawet dzieci.
W miarę nasilania się wojny Buscapé wykonuje zdjęcia dokumentujące przemoc i działalność gangów. Jedno z jego zdjęć trafia do prasy, dzięki czemu zdobywa pracę fotografa.
Ostatecznie Knockout Ned ginie podczas policyjnej zasadzki, a Zé Pequeno zostaje zdradzony przez policję i pozbawiony pieniędzy. Niedługo później zostaje zamordowany przez grupę dziecięcych gangsterów, którym wcześniej wyrządził krzywdę. Film kończy się sceną, w której młodsi chłopcy planują przejęcie kontroli nad przestępczym światem Cidade de Deus, co sugeruje niekończący się cykl przemocy.
Produkcja Miasto Boga zostało wyreżyserowane przez Fernando Meirellesa we współpracy z Kátią Lund. Scenariusz opracował Bráulio Mantovani na podstawie powieści Cidade de Deus autorstwa Paulo Lins, który dorastał w rzeczywistej faweli Cidade de Deus w Rio de Janeiro.