W 1968 złożona i przygotowana do druku w Wydawnictwie Łódzkim napisana wspólnie z doc. dr. hab. Januszem Indulskim książka pt. Opieka zdrowotna w Łodzi od czasów najdawniejszych do roku 1945, została zniszczona na polecenie cenzora, a jej autorów napiętnowano (m.in. na łamach prasy łódzkiej) za rzekomy filosemityzm. Dlatego szykanowany Jan Fijałek 30 czerwca 1968 złożył wymówienie z pracy w Uniwersytecie Łódzkim.
Od 1 października 1968 pracował w łódzkiej Akademii Medycznej. Pracując w Zakładzie Organizacji Ochrony Zdrowia, kierowanym przez Janusza Indulskiego, zorganizował pracownię historii medycyny. Funkcjonowała ona i w roku następnym już w Katedrze Organizacji Ochrony Zdrowia, która stała się zalążkiem Instytutu Medycyny Społecznej przy Akademii Medycznej, utworzonym 21 marca 1970. W jego strukturze organizacyjnej znalazł się też Zakład Historii Medycyny i Farmacji, którego kierownictwo powierzono Janowi Fijałkowi, który pomyślnie złożył kolokwium habilitacyjne w Uniwersytecie im. Adama Mickiewicza w Poznaniu przedstawiając rozprawę pt. Działalność Inspekcji Fabrycznej w przemyśle włókienniczym Królestwa Polskiego (Okres autonomiczny 1885-1894). Studium z położenia włókniarzy.