W 1897 roku pracował dla Instytutu Pasteura, gdzie wraz z Émilem Roux (1853–1933) i Ilją Miecznikowem (1845–1916) prowadził badania nad nowotworami.
W 1898 roku towarzyszył multimilionerowi Vanderbiltowi w podróży w górę Nilu. W 1899 roku odkupił swój dawny szkuner „Pourquoi-Pas? II” i odbył na nim szereg rejsów wzdłuż wybrzeży Wysp Brytyjskich, pokonując m.in. dystans 160 km pomiędzy Lizard a Guernsey w niecałe dziewięć godzin.
W 1900 roku wziął udział w igrzyskach w Paryżu, zdobywając dwa srebrne medale w zawodach jachtów do 0,5 tony. W tym samym roku dzięki wsparciu ministra marynarki Edouarda Lockroya (1838–1913), ojczyma żony, został oficerem marynarki. Na „Pourquoi-Pas? II” opłynął Irlandię. Ponownie sprzedał „Pourquoi-Pas? II” i zakupił szkuner „Rose-Marine” o długości 36,50 m. Kolejne rejsy odbył m.in. na Szetlandy, Hebrydy i Wyspy Owcze (1901), Islandię i wyspę Jan Mayen (1902) oraz na Morze Grenlandzkie. Interesował się tam aktywnością wulkaniczną i łowiskami wielorybów. W 1902 roku po raz pierwszy przekroczył koło podbiegunowe. W tym samym roku wraz z Georges’em Clerc-Rampalem wydał La navigation mise à la portée de tous: manuel pratique de navigation estimée et observée.