W 1905 roku rozwiódł się ze swą pierwszą żoną i wraz z córką Marion zamieszkał u swej siostry Jeanne. W 1907 roku ożenił się ponownie, z Meg Cléry (1874–1960). Jego nowa żona była malarką i towarzyszyła często mężowi w podróżach. W 1907 uroku rodziła im się córka, Monique, a w 1911 kolejna – Martine.

I wyprawa antarktyczna Charcota (1903–1905) 240px|thumb|„Français” – statek I wyprawy Charcota (1913) Od czasów podróży Dumont d’Urville’a (1790–1842) w 1840 roku Francja nie angażowała się przez ponad pół wieku w badania obszarów podbiegunowych. Zafascynowany krainą wiecznych lodów, w 1902 roku Charcot postanowił zorganizować narodową ekspedycję polarną, której celem byłoby zbadanie wybranych rejonów Arktyki. Zachęcony pozytywnym przyjęciem projektu zarówno przez sfery rządowe, jak i opinię publiczną, zaangażował w przygotowania znaczną część prywatnego majątku. Zamówił w Société de Construction Navale w Saint-Malo solidny, 32-metrowy trójmasztowiec projektu François Gautiera i zgromadził załogę.