Wybuch II wojny światowej zakończył dynamiczny rozwój miasta. W Legionowie powstawały komórki Polskiego Związku Powstańczego. W domu przy ulicy Królowej Jadwigi 13 mieściła się radiostacja, punkt łącznikowy i komórka wywiadu (dom przy Cafe Marysieńka). W 1940 roku między ulicami Sobieskiego a Listopadową, na terenie zwanym Cegielnią Niemcy utworzyli getto dla ludności żydowskiej, w którym umieszczono między 2500 a 3000 osóbJacek Emil Szczepański, Ludność żydowska w Legionowie i jej zagłada, op.cit., s. 23.. W ostatnich dniach lutego 1940 roku nieznani sprawcy zastrzelili niemieckiego burmistrza Legionowa Reinholda Marielke i jego żonę. W ramach odwetu Niemcy 24 lutego 1940 roku aresztowali w Henrykowie, Jabłonnie i Legionowie ponad 600 osób. 190 spośród z nich zostało 26 lutego 1940 roku rozstrzelanych w PalmirachZagłada polskiej inteligencji. 80. rocznica mordu w Palmirach, Polskie Radio 24.. 4 października 1942 roku miała miejsce akcja likwidacji getta żydowskiego, w toku której zamordowano wielu ŻydówEgzekucja w Piekiełku, Mieszkaniec, 19 grudnia 2018..