W okresie okupacji hitlerowskiej w odległości kilku kilometrów na północ od Legionowa przebiegała granica między Generalnym Gubernatorstwem a III Rzeszą (biegła od zachodu od Wisły, przez Skierdy, Trzciany, Krubin, Topolinę, a następnie wzdłuż rzeki Narwi)Jacek Szczepański, Tradycja Mazowsza. Powiat Legionowski. Przewodnik subiektywny, Mazowieckie Centrum Kultury i Sztuki, Agencja Wydawnicza „Egros”, Warszawa 2011, s. 30..
28 października 1944 roku miasto zostało zajęte przez Armię Czerwoną
Na podstawie dekretu PKWN z 31 sierpnia 1944 roku zostały utworzone miejsca odosobnienia, więzienia i ośrodki pracy przymusowej dla „hitlerowskich zbrodniarzy oraz zdrajców narodu polskiego”. Obóz pracy nr 124 Ministerstwo Bezpieczeństwa Publicznego utworzyło w Legionowie.
W 1945 roku pierwszym po wojnie wójtem został Robert Krogulski, mieszkaniec Legionowa, były oficer carski i syndykalista„Warszawa Prawa Podmiejska 1942-1944, Z walk PPR, GL-AL” praca zbiorowa redakcją Benona Dymka, Wyd. MON Warszawa 1973 s. 815.. W 1947 roku Legionowo liczyło 9860 mieszkańców. W 1950 roku Zakłady Balonowe ponownie podjęły produkcję pod nazwą „Aviotex”. Po wojnie w Legionowie stacjonowały oddziały 1 Warszawskiej Dywizji Piechoty im. Tadeusza Kościuszki.