Biorąc pod uwagę budowę chemiczną cząsteczek jonoforów można je podzielić na cykliczne lub otwartołańcuchowe, a także inne rodzaje np. jonofory karboksylowe, oligopeptydy, cyklopeptydy, cyklodepsydy, cyklodepsypeptydy i inne. Ze względu na rodzaj kompleksowanych jonów wyróżnia się jonofory kompleksujące kationy jednowartościowe i dwuwartościowe. Ostatecznie jonofory można podzielić ze względu na kompleksowane jony: sodu, potasu, wapnia itd.
Jonofory pochodzenia naturalnego Jonofory pochodzenia syntetycznego Neutralne cykliczne Otwarto łańcuchowe Neutralne cykliczne Otwarto łańcuchowe Cyklopeptydy Cyklodepsydy Cyklodepsypeptydy Karboksylowe Neutralne niecykliczne Etery koronoweKryptandySferandyKarcerandy Podandy (polietylenogligole)Oligotetrahydropirany przykłady:gramicydyna Santramanid przykład:naktyny przykłady:walinomycynawirginiamycyna przykłady:monenzynakwas lasalowy przykład:gramicydyny A, B i C przykłady:18-korona-6dibenzo-18-korona-6 przykłady:PEGpolioksymetylen
Jonofory pochodzenia naturalnego thumb|Jonofor cykliczny i pseudocykliczny Jonofory naturalne są związkami produkowanymi głównie przez bakterie: Streptomyces spp., Enterococcus spp. oraz Bacillus spp.