Pozyskuje się je również z grzybów rodzaju Fusarium.
Wyróżnić można dwie zasadnicze grupy jonoforów naturalnego pochodzenia: karboksylowe oraz neutralne, które mogą być zarówno cykliczne, jak i otwartołańcuchowe.
Jonofory karboksylowe thumb|Monenzyna A – jonofor karboksylowy Jonofory karboksylowe zwane też antybiotykami polieterowymi posiadają grupę karboksylową () i transportują kationy w postaci soli obojętnych , gdzie M to kation metalu lub jon wodorowy . Jonofor (makrocykliczy ligand) jest więc anionem. Cząsteczki jonoforów karboksylowych, choć zaliczają się do „otwarto-łańcuchowych”, nie są w rzeczywistości cząsteczkami liniowymi. Obecność grupy karboksylowej na jednym końcu cząsteczki oraz grup hydroksylowych na drugim daje możliwość tworzenia się wewnątrzcząsteczkowych wiązań wodorowych, co sprawia, że przyjmuje ona „pseudo-cykliczny” kształt. Eterowe atomy tlenu stanowiące „układ polieterowy” lub „szkielet polieterowy”, skierowane są do wnętrza cząsteczki tworząc hydrofilową wnękę zdolną do skompleksowania kationu.