Po kapitulacji Warszawy 28 września uniknął niewoli. Wkrótce zaangażował się w działalność konspiracyjną w ramach Służby Zwycięstwu Polski, a następnie Związku Walki Zbrojnej. Jesienią 1941 roku Komenda Główna ZWZ wyznaczyła go na dowódcę IV Odcinka Wydzielonej Organizacji Dywersyjnej „Wachlarz” ZWZ-AK. W wyniku konfliktu z ppłk. Remigiuszem Grocholskim ps. „Brochwicz”, komendantem „Wachlarza”, odszedł z organizacji w maju 1942 roku. Według ppłk. Grocholskiego został on oddany pod sąd wojenny Wojskowego Sądu Specjalnego KG AK pod zarzutem kłamliwych meldunków o bajecznym stanie ilościowym i uzbrojeniowym i skazany na karę śmierci. W tej sytuacji w październiku 1942 roku płk Komierowski wstąpił do Narodowych Sił Zbrojnych, obejmując funkcję inspektora w Komendzie Głównej NSZ. W styczniu 1944 roku został dowódcą Inspektoratu Centralnego NSZ, obejmującego Okręgi: I Warszawa-miasto, VI Warszawa-województwo i XII Podlaski. Po scaleniu NSZ z AK w marcu 1944 roku, wystąpił później po stronie zwolenników umowy scaleniowej, pomimo uzyskania propozycji mianowania go komendantem nie scalonej części NSZ. Uczestniczył w powstaniu warszawskim jako inspektor bojowy IV Rejonu AK Śródmieście dowodzonego przez ppłk. Stanisława Steczkowskiego ps. „Zagończyk”.