We wrześniu 1939 przygotował dla Ernsta von Weizsäckera memoriał, w którym opowiedział się za powołaniem polskiego państwa kadłubowego z proniemieckim rządem. Jako kandydata na premiera wskazywał w nim Kazimierza Sosnkowskiego. Uważał także za korzystny brak wspólnej granicy ze Związkiem Radzieckim. W tym samym miesiącu objął w Urzędzie Spraw Zagranicznych kierownictwo sekcji, która przygotowała wydane w grudniu 1939 Dokumenty genezy wojny pokazujące konflikt niemiecko-polski z niemieckiej perspektywy (nie wahano się przy tym przed tendencyjnym wyborem materiałów i fałszerstwem źródeł, zaś Polskę przedstawiono jak kraj dążący do wojny). Od grudnia 1939 do lata 1942 zajmował się opracowywaniem akt zdobytych w kolejnych okupowanych przez Niemcy krajach, w tym m.in. w Polsce i przede wszystkim we Francji, m.in. w marcu 1940 wydał zbiór szesnastu dokumentów Polska dokumentacja genezy wojny. Latem 1941 znalazł się w Warszawie, kierując komisją Urzędu Spraw Zagranicznych, która w ocenie polskich władz podziemnych sondowała możliwość łagodniejszego kursu wobec Polaków (nie znajduje to potwierdzenia w źródłach niemieckich). Na przełomie 1941 i 1942 uczestniczył w rozmowach z Leonem Kozłowskim, w których rozważano powołanie polskiego samorządu.