Władzę w wyniku puczu objął Oswaldo López Arellano. López Arellano doprowadził kraj do kolejnych problemów gospodarczych i wystąpień chłopskich (tłumionych poprzez represje). Reżim okazał się silnie skorumpowany a prezydent pomnażał swój prywatny majątek drogą defraudacji finansowych. Agresywna polityka doprowadziła do tzw. wojny futbolowej z 1969 roku i kryzysu w relacjach amerykańsko-honduraskich.
Villeda Morales został odsunięty od władzy w wyniku sojuszu pomiędzy Partią Liberalną i Partią Narodową. W 1971 roku partie te utworzyły rząd jedności narodowej a prezydentem kraju został Ramón Ernesto Cruz Uclés. Rząd jedności narodowej upadł na skutek skandali finansowych i niezgodności partii wchodzących w jego skład. Sytuacja ta doprowadziła do powrotu w do władzy Lópeza Arellano. Okres rządów byłego dyktatora charakteryzował się prowadzeniem interwencjonizmu gospodarczego, rozwojem przemysłu, wzrostem gospodarczym oraz wdrożeniem w życie reformy rolnej. W 1975 roku Arellano został obalony w wyniku zamachu stanu zainspirowanego przez Stany Zjednoczone. W następstwie przewrotu prezydentem został pułkownik Juan Alberto Melgar Castro. Junta przyczyniła się do odnowienia kryzysu ekonomicznego oraz narastających konfliktów społecznych, w 1975 roku junta krwawo stłumiła manifestacje chłopskie.