W 1978 na skutek przewrotu pałacowego władzę objął inny pułkownik, Policarpo Paz García. Junta wycofała się z reform okresu początków lat 70. i zaostrzyła kurs represji. W 1980 roku odbyły się wybory parlamentarne a rok później prezydenckie. Rządy cywilne zostały przywrócone a formalną władzę objął Roberto Suazo Córdova, w praktyce jednak władzę sprawowała armia z generałem Gustavem Álvarezem Martínezem. W latach 80. armia utworzyła szwadrony śmierci, które zabiły i porwały tysiące rzeczywistych lub domniemanych przeciwników jej wpływów w państwieMichael Dobbs, The Washington Post, 21 marca 2005, Negroponte’s Time In Honduras at Issue.la CIA y los militares argentinos responsables de la represión.. Nieodłącznym elementem życia politycznego Hondurasu był ciągły kryzys gospodarczy. Rządzący od 1986 do 1990 José Azcona del Hoyo z Partii Liberalnej podjął się nieudanej próby ograniczenia rządów wojskowych oraz włączył kraj do środkowoamerykańskiego procesu pokojowego. Oprócz armii coraz większe wpływy w państwie mieli funkcjonariusze byłego reżimu Nikaragui obalonego przez rewolucję sandinistowską. W rezultacie rząd zgodził się na stacjonowanie w kraju proamerykańskich i antysandinistowskich partyzantów contras podejmujących akcje przeciwko rewolucyjnemu rządowi Nikaragui.