Polityka ta doprowadziła do narastania sporu między Hondurasem a Nikaraguą oraz incydentami zbrojnymi między armiami tych państw. Konflikt odbił się na sytuacji wewnętrznej Hondurasu – w latach 80. powstały zbrojne guerille antyrządowe, z których najsilniejszy był powstały pod koniec dziesięciolecia Front Wyzwolenia Hondurasu im. Morazana (do ostatniego ataku tej partyzantki doszło w 1995 roku)Terrorist Organization Profiles - START - National Consortium for the Study of Terrorism and Responses to Terrorism. W 1989 roku guerilla przeprowadziła udany zamach na szefa armii, Álvareza Martíneza.
W 1989 roku został przyjęty plan pokojowy dla Ameryki Środkowej, na mocy którego siły contras zostały wycofane. Wybory w 1990 roku wygrała Partia Narodowa, która tym samym odsunęła od władzy liberałów. Prawica wdrożyła radykalny program oszczędnościowy który poskutkował napięciami społecznymi i wojskowymi represjami wobec protestujących. Pogorszeniu uległo przestrzeganie praw człowieka. W 1992 roku został rozwiązany konflikt graniczny z Salwadorem. W 1993 roku władzę ponownie przejęli liberałowie którzy przeprowadzali politykę stopniowej demilitaryzacji kraju oraz reform w neoliberalnym stylu.