Zajezdnia Wola Duchacka – Znajduje się ona przy ul. Walerego Sławka 10. To największa i najważniejsza zajezdnia autobusowa MPK S.A. w Krakowie, chociaż to nie w niej testuje się autobusy (to się robi w zajezdni Płaszów). Tutaj organizowane są wszelkiego rodzaju wydarzenia otwarte i tym podobne. Tutejsze autobusy mają oznaczenie „D”. Zajezdnia Płaszów – Znajduje się ona przy ul. Biskupińskiej 2. To w tej zajezdni stacjonują autobusy, które są testowane (między innymi autobusy wodorowe). Tutaj też stacjonują autobusy usługi Tele-Bus. Oznaczenie zajezdni to litera „P”. Zajezdnia Bieńczyce – Znajduje się ona przy ul. Kornela Makuszyńskiego 34. Jest to najbardziej zielona zajezdnia autobusowa w Krakowie. Stacjonują tu między innymi autobusy podmiejskie, w tym większość najnowszych autobusów typu Urbino 12 Mild Hybrid marki Solaris (reszta stacjonuje w zajezdni Płaszów) i autobusy podmiejskie typu Lion’s InterCity 13 marki Man należące do „spółki – córki” MPK S.A. w Krakowie – KrakTransRem Sp. Z o.o. (w skrócie: KTR). Litera w numerze bocznym autobusów oznaczająca tę zajezdnię to „B”.