W roku 1998 zakończono eksploatację autobusowej Zajezdni Czyżyny, a załogę oraz stacjonujący tam tabor przeniesiono do pozostałych zajezdni. Od roku 2009 zabytkowe tramwaje będące własnością MPK SA przeniesiono do wyremontowanej Zajezdni św. Wawrzyńca na Kazimierzu, która należy do Muzeum Inżynierii Miejskiej w Krakowie.
Tabor MPK SA eksploatuje obecnie w swojej flocie pojazdów autobusy i tramwaje.
Tramwaje
Pod koniec 2025 roku MPK SA posiadało 361 liniowych wagonów tramwajowych. Od drugiej dekady XXI wieku zintensyfikowano działania mające na celu odnowienie taboru przewoźnika – w 2015 roku do ruchu wprowadzono wagony Pesa 2014N zwane „Krakowiakami”, a w 2020 roku do jazd z pasażerami wyjechały pierwsze pojazdy Stadler Tango nazywane w Krakowie „Lajkonikami”. Dodatkowo została zamówiona partia 60 wagonów Stadler Tango w wersji „Lajkonik II”, których produkcja jest zaplanowana na lata 2022–2023. W ramach umowy ramowej podpisanej w 2025 roku, obejmującej możliwość zakupu do 90 tramwajów Pesa Twist 3.0 w trzech wariantach (jednokierunkowych o długości ok. 33 m i 43 m oraz dwukierunkowych o długości ok. 33 m), MPK Kraków rozpoczęło realizację kolejnych zamówień wykonawczych.