3 października Anna przybyła na hiszpańską ziemię do portu Santander, ale zanim mogła dotrzeć do króla, Floris został potajemnie zamordowany 16 października 1570 roku. Historyk John Brewer uważa, że Filip nakazał pospieszną egzekucję po pierwszym spotkaniu z Anną, podczas którego odmówił uwolnienia Florisa. 14 listopada w kaplicy Alkazaru w Segowii odprawiono mszę wigilijną.
Królowa Hiszpanii lewo|mały|Portret królowej Anny z 1570 roku autorstwa Anthonisa Moro Para spędziła miesiąc miodowy w Pałacu Valsaín, jednym z ulubionych miejsc Filipa. Po przybyciu do Hiszpanii Anna otrzymała nowy dom, umeblowany pod okiem doświadczonej i wpływowej damy dworu, Margarity de Cardony, która wcześniej była damą dworu matki Anny i znała ją od dzieciństwa w Austrii. Królową Annę opisywano jako królową pełną życia i radości, co w pewnym stopniu pomogło przełamać sztywną atmosferę hiszpańskiego dworu.