W 1989 roku Silooy wrócił do Ajaksu i od razu został z nim mistrzem Holandii. Po swój piąty tytuł czekał do roku 1994, wcześniej w 1993 roku zdobywając pierwszy i jedyny Puchar Holandii. Jeszcze przed rozpoczęciem sezonu 1994/1995 doznał ciężkiej kontuzji i stracił cały sezon. Nie uczestniczył więc w triumfie w Lidze Mistrzów, ale zdobył za to Puchar Interkontynentalny w tym samym roku. W sezonie 1995/1996 Silooy stracił już niemal miejsce w składzie i wystąpił tylko w 11 meczach mając mały udział w zdobyciu swojego szóstego mistrzostwa kraju.
W 1996 roku Silooy przeszedł do niemieckiej Arminii Bielefeld. W 1997 roku zajął z nią 14. miejsce, ale w 1998 spadł z Bundesligi. Po sezonie Sonny wrócił do Holandii i przez 2 lata grał jeszcze w De Graafschap, a w latach 2000–2002 w amatorskim klubie Unitas i następnie zakończył karierę w wieku 39 lat.