W 1548 dzierżawcą Lipnika został Florian Zebrzydowski, a jednocześnie doszło do przeniesienia wsi z prawa średzkiego na magdeburskie, co wiązało się z ustanowieniem własnego samorządu wiejskiego na czele z wybieranym sołtysem (pierwszym był Walenty Krzyszko). Za czasów Zebrzydowskiego, około roku 1560, na peryferiach dóbr lipnickich założone zostały trzy nowe osady, które w przyszłości miały stać się odrębnymi miejscowościami: Biała, Międzybrodzie Lipnickie (dziś Bialskie) oraz Straconka. W związku z inkorporacją księstwa oświęcimskiego do Korony Polskiej w 1564 królewszczyzna lipnicka przekształcona została w tzw. starostwo niegrodowe. W tym samym czasie zaczyna się we wsi szerzyć luteranizm, do końca stulecia na to wyznanie przechodzą niemal wszyscy mieszkańcy (według wizytacji biskupiej w 1598 „wszyscy prócz jednego chłopa są heretykami”).