W 1598 dobra lipnickie objął w dzierżawę Mikołaj Komorowski, a po nim w 1610 jego brat Piotr Komorowski. Z panowaniem Komorowskich wiąże się założenie drugiego folwarku we wsi, zwanego potem dolnolipnickim (folwark górnolipnicki znajdował się od średniowiecza w centrum miejscowości), na terenie którego powstał dwór obronny będący jednocześnie siedzibą starostów lipnickich (Dwór Lipnicki), usamodzielnienie się Białej w 1613, a także początki osadnictwa na Leszczynach. Na początku XVII wieku Lipnik liczył około 600 mieszkańców, dzielił się na Górną Wieś i Dolną Wieś oraz liczne przysiółki. Następnymi dzierżawcami byli Jan Wizemberg starszy (1633–1636) oraz Jan Wizemberg młodszy (1636–1667). Za panowania tego drugiego wybuchł bunt chłopski przeciw zwiększaniu czynszów i zakresu obowiązków pańszczyźnianych (1646–1647), a także nasilał się konflikt wyznaniowy w obliczu podjętych przez niego działań kontrreformacyjnych. Zbór lipnicki został przymusowo zamknięty w 1658. Prześladowania religijne stały się przyczyną masowej emigracji lipniczan, w latach 60. XVII wieku liczba ludności spadła poniżej 150 mieszkańców. Luteranizm był w kolejnych dekadach nadal praktykowany, najpierw tajnie, a od około 1690 w ramach nowego zboru założonego w sąsiedniej Białej.