w dawnym klasztorze mieszkali świeccy, w tym kobiety z dziećmi. 180px|thumb|lewo|Cenotaf Andrzeja i Baltazara Batorych W 1589 r. bratanek króla Stefana Batorego, kardynał Andrzej Batory, został biskupem warmińskim (już od 1584 r. był biskupem koadiutorem). Jak władca dominium biskupiego zdecydował się wskrzesić klasztor. Do odbudowy świątyni i klasztoru Batory przystąpił w 1594 r., przekazując go ostatecznie w 1597 r. polskiej prowincji bernardynów. Zakonnicy przybyli do Barczewa latem 1598 r. Przy kościele kardynał Andrzej Batory zaczął wznosić kaplicę kopułową, dla zamówionego u Willem van den Blocke z Gdańska podwójnego nagrobka jego i jego brata Baltazara. Odsłonięty 1 września 1598 r. kilkanaście tygodni przed wyjazdem Andrzeja do SiedmiogroduP. Samól, Kościół św. Andrzeja w Barczewie..., s. 113-123..
Dzieło odbudowy kościoła ukończył biskup Szymon Rudnicki - 3 listopada 1610 r. konsekrował świątynięP. Samól, Kościół św. Andrzeja w Barczewie..., s. 127.. Jeden z jego kanoników - Wawrzyniec Koch ufundował w 1615 r. manierystyczne stalle, a na początku lat 20. XVII w. wparł budowę skrzydła zachodniego klasztoru z biblioteką. Rozkwitający klasztor bernardynów został splądrowany przez wojska szwedzkie w 1629 r.