Freud jednak stanowczo odrzucił tę możliwość i nie chciał nawet podejmować dyskusji na ten temat; od tej pory Ferenczi skupił się na pracy klinicznej – został jednym z najbliższych współpracowników Freuda. W latach 1918–1919 był przewodniczącym Międzynarodowego Stowarzyszenia Psychoanalitycznego.

Dorobek naukowy Ferenczi stał się jednym z najpłodniejszych, najbardziej twórczych psychoanalityków. W pismach swych antycypował wiele idei, które Freud wypracował dopiero w późniejszym okresie – na przykład teorię odniesienia do obiektu i psychotraumatologię. W dziele Ferencziego poczesne miejsce zajmuje podkreślanie przeżyć okresu wczesnego dzieciństwa oraz teoria powstawania archaicznego „nad-ja” za sprawą introjekcji traumatyzującego obiektu („nad-ja”). Wespół z Ottonem Rankiem Ferenczi propagował w swej pracy pt. Entwicklungsziele der Psychoanalyse (1924) ideę bardziej aktywnej techniki terapii, postulując poważniejsze zaangażowanie się w nią psychoanalityka.

Fakt, że Ferenczi tak samodzielnie zajmował się psychoanalizą, na początku lat dwudziestych doprowadził do naderwania jego przyjaźni z Freudem.