Nowa dekada zaczęła się od najhuczniej świętowanego mistrzostwa Meksyku w sezonie 1990/91 (UNAM pokonał swego wielkiego rywala, klub Club América). W klubie pojawiła się nowa generacja piłkarzy, takich jak: Luis García Postigo, Jorge Campos, Claudio Suárez, Antonio Sancho, Israel López, Braulio Luna, Rafael García, Jaime Lozano czy Gerardo Torrado. Jednak dekada ta pomimo świetnego początku nie przyniosła klubowi wielkich sukcesów. W końcu dekady pojawił się w klubie Hugo Sánchez by spróbować swych sił jako trener.
W nowym tysiącleciu obok Hugo Sáncheza jako trenera pojawiła się plejada wybitnych graczy, która przywróciła klubowi dawną potęgę. W roku 2004 UNAM został w czerwcu mistrzem Meksyku po wygraniu turnieju Clausura (w finale 0:0 i 1:1 oraz 5:4 w rzutach karnych z Guadalajarą). W przerwie ligowej UNAM pokonał na Santiago Bernabéu słynny Real Madryt 1:0, tym samym zwyciężając w rozgrywkach Trofeo Santiago Bernabéu. Zwycięską bramkę zdobył Israel Castro. W grudniu 2004 roku klub zdobył mistrzostwo po raz drugi, zwyciężając w turnieju Apertura 2005 (po pokonaniu w finale 2:1 i 1:0 Monterrey).