Mieszkał w willi na Żoliborzu, która uległa spaleniu wraz z jego biblioteką i notatkami podczas powstania warszawskiego.
W czasie okupacji niemieckiej podczas II wojny światowej przebywał w Warszawie, gdzie kierował w strukturach Rady Głównej Opiekuńczej (RGO) Działem Opieki nad Więźniami w Polskim Komitecie Opiekuńczym Warszawa-Miasto. Z racji swych kontaktów z okresu berlińskiego podejmował od marca 1940 interwencje dyplomatyczne przeciw represjom niemieckim wobec Polaków (m.in. po zamachu na Kutscherę z 1 lutego 1944), które spotykały się z żądaniem przerwania polskiego oporu przeciwko okupacji. W styczniu 1941 był konsultowany w Warszawie przez emisariuszkę rządu gen. Władysława Sikorskiego, Lucianę Frassati-Gawrońską, w sprawie kandydatury na pierwszego Delegata Rządu na Kraj. 15 grudnia 1941 odbył z częściowej inspiracji RGO rozmowę z gubernatorem Hansem Frankiem (za zgodą Hitlera, który określił Wysockiego „jedynym Polakiem, którego może ścierpieć”) domagając się złagodzenia represji wobec ludności polskiej i otrzymując podziękowania za działalność polskich kolejarzy, policjantów, robotników i urzędników.