Zlikwidowano kursy wielu innych linii podmiejskich. Powodem była odmowa dofinansowania działalności zakładu przez gminy. Najpierw autobusy opuścić musiały miejscowości gminy Gawłuszowice (Brzyście, Borki Niz. i Młodochów), skąd wycofano linię 16 a jej kursy przekazano linii 8, a kursy MKS w tamtym kierunku powróciły, dopiero w roku 2006! Konieczne było także wycofanie tras z miejscowości leżących w gminach graniczących z Mielcem od zachodu (Borowej, Wadowic, Radomyśla i Zgórska). Przestały zatem istnieć linie 12, i 17, jednakże komunikacja miejska już nigdy tam nie wróciła. Została jedynie linia 9 łącząca miasto z Trzcianą i Czerminem, którą w przyszłości czekał specyficzny los.
Zaszła także potrzeba małej modernizacji układu drugoplanowych linii miejskich. W związku z malejącą frekwencją pasażerów podróżujących w okolice stadionu, zmniejszono liczbę linii obsługujących ulice Solskiego i Biernackiego. Na okres próbny zlikwidowano kursujące dotychczas z Rynku różnymi trasami linie: 3, 14 i 19, uruchamiając w ich miejsce dwie nowe: