wcześniej WWF – nazwa została zmieniona po procesie sądowym z World Wildlife Fund) nastąpił 27 czerwca 2002. Odpowiedział na wyzwanie Kurta Angle’a i przegrał starcie. Dobrej walki pogratulowali mu Rikishi, Farooq, Billy Kidman oraz The Undertaker. Po debiucie rozpoczął rywalizację z Chrisem Jericho. Pokonał rywala na gali Vengeance. We wrześniu rozpoczął feud z Eddiem i Chavo Guerrero. Występował głównie na tygodniówce SmackDown.
W październiku połączył siły z Billym Kidmanem; drużyna wzięła udział w turnieju o nowo utworzone WWE Tag Team Championship. Odpadli już w pierwszej rundzie. Na następnym SmackDown!, Cena obwinił Kidmana o przegraną i pokonał go w walce singlowej, lecz przegrał starcie rewanżowe tydzień później. Na następnym specjalnym SmackDown! z okazji Halloween, Cena przebrał się za rapera Vanilla Ice i wykonał freestyle. Wkrótce przybrał wizerunek rapera na stałe.
W pierwszej połowie 2003 rywalizował z Chrisem Benoit, a następnie z posiadaczem WWE Championship – Brockiem Lesnarem. Cena wygrał turniej o miano pretendenckie do WWE Championship, został jednak pokonany przez Lesnara w walce o mistrzostwo na Backlash. Na gali Vengeance został pokonany przez The Undertakera.