W listopadzie dołączył do drużyny Kurta Angle’a na Survivor Series.
We wczesnym 2004 wziął udział w Royal Rumble matchu na gali Royal Rumble; został wyeliminowany z walki przez Big Showa. Zdarzenie to doprowadziło do rozpoczęcia rywalizacji Ceny z Big Showem. Na WrestleManii XX, Cena pokonał rywala w walce o WWE United States Championship. Jego panowanie skończyło się cztery miesiące później, gdy został pozbawiony pasa po walce z Kurtem Angle’em. Cena odzyskał pas po serii pięciu walk z Bookerem T, która zakończyła się na gali No Mercy. Pas utracił tydzień później, na rzecz debiutującego Carlito. Rozpoczęło to rywalizację Ceny z debiutantem. Feud zakończył się rzekomym dźgnięciem w nerkę Ceny przez ochroniarza Carlito – Jesúsa. W rzeczywistości Cena potrzebował przerwy od akcji w ringu, by móc zagrać w The Marine. Cena odzyskał United States Championship w listopadzie, tuż po powrocie do ringu.
WWE Champion (2005–2007) W styczniu 2005 wziął udział w Royal Rumble matchu. Ostatnimi dwoma przetrwałymi w walce zawodnikami byli on i Batista. Obydwaj zostali wyeliminowani w tym samym momencie;