Metellus wielu piratów pojmał, stracił i zniszczył Ci, co jeszcze pozostali, oblężeni, wysłali prośbę do Pompejusza wzywając go na wyspę i oferując poddanie się (Pompejusz na mocy Lex Gabinia miał kontrolę na całym Morzem Śródziemnym, a więc także nad Kretą). Odebrawszy tę prośbę w piśmie do Metellusa zabronił mu wojny z piratami. Napisał też do miast na Krecie, by nie słuchały Metellusa, i wysłał tam jako zarządcę jednego ze swych dowódców, Lucjusza Oktawiusza. Metellus skarży się, że Pompejusz,który wówczas uzyskał władzę nad całym Morzem Śródziemnym do walki z piratami, podbiera mu chwałę jego czynów, przysyłając na Kretę swego legata dla przyjmowania aktów poddawania się miast Metellus jednak nie ustąpił. Choć prowadziło to do konfliktu z Pompejuszem, Metellus Kreteński nie zgodził się na przyjęcie kapitulacji miast kreteńskich przez Pompejusza i sam zdobył resztę wyspy w tym Lappę okupowaną przez Oktawiusza. Został ogłoszony przez swoich żołnierzy imperatorem. Dzięki temu zwycięstwu nad Kretą zyskał przydomek (agnomen): Kreteński(Kretikus) i prawo do odbycia triumfu. W 66 p.n.e. ostatecznie zdobył Kretę i przekształcił ją w prowincję rzymską. Po powrocie z Krety w 65 czekał pod Rzymem aż do maja 62 p.n.e. w oczekiwaniu na odbycie triumfu, przeprowadzeniu którego przeciwstawiali się w senacie stronnicy Pompejusza.