W dniach 1–2 lipca 1933 roku w wyremontowanym kościele odbył się Kongres Eucharystyczny pod patronatem biskupa łomżyńskiego Stanisława Kostki Łukomskiego.
W 1938 roku rozpoczęto nieukończoną rozbudowę polegającą na budowie naw bocznych i części frontowej. Projekt powstał z inicjatywy proboszcza Edmunda Waltera. Do września 1939 roku rozebrano wcześniejszą kruchtę zachodnią i wzniesiono nową oraz wykonano otwory w bocznych ścianach kościoła i kaplicy Różańcowej, przygotowując połączenie ze wznoszonymi nawami. Wybuch II wojny światowej przerwał prace.
W czasie II wojny światowej świątynia została przez okupantów niemieckich zamieniona w więzienie, a później na magazyn zbóż i nawozów sztucznych; następnie utworzono w niej warsztat naprawczy dla czołgów. Niemcy rozebrali również nowo wzniesione elementy rozbudowy kościoła. Po opuszczeniu Ostrołęki przez wojska niemieckie świątynia wróciła pod zarząd kościelny. W 1946 roku komisja konserwatorska z udziałem przedstawicieli Ministerstwa Kultury i Sztuki oraz władz wojewódzkich stwierdziła zły stan budowli i nakazała jej pilne zabezpieczenie.