W XIII wieku okolice Białowieży były terenami przygranicznymi księstw: mazowieckiego, wołyńskiego, litewskiego i plemion jaćwieskich. W tym okresie najazdy tatarskie, krzyżackie i później litewskie spowodowały wyludnienie Puszczy Białowieskiej.
Od XIV wieku istniał w Białowieży stały dwór myśliwski książąt litewskich, a potem władców Polski. W drugiej połowie XVII wieku wieś należała do leśnictwa białowieskiego w ekonomii grodzieńskiejStanisław Zawadzki, Gospodarowanie ekonomiami królewskimi w Wielkim Księstwie Litewskim w świetle kontraktów dzierżawnych z II poł. XVII w., Warszawa 2021, s. 170.. W czasach Rzeczypospolitej Obojga Narodów Białowieża jako wieś królewska ekonomii brzeskiej położona była w powiecie brzeskolitewskim województwa brzeskolitewskiego. Pierwsze wzmianki o osadnictwie w Białowieży odnoszą się do roku 1639, gdy we wsi istniały folwark i dwór królewski króla Władysława IV Wazy. Następny dwór powstał w czasach panowania Augusta III Sasa. W roku 1775 wieś liczyła 20 domów.