Po III rozbiorze Polski w 1795 roku, miejscowość do 1915 roku znajdowała się pod zaborem rosyjskim (bezpośrednio w Imperium Rosyjskim). Okolice puszczy były podczas zaboru objęte powstaniami narodowymi. W okresie powstania listopadowego w roku 1831 cała straż leśna przyłączyła się do powstania. W czasie powstania styczniowego w 1863 r. walki z wojskami rosyjskimi prowadziły powstańcze oddziały Rogińskiego, Duchińskiego i Wróblewskiego.
W roku 1827 w uroczysku Stara Białowieża odkryto cmentarzysko szkieletowe płaskie. Do roku 1976 zinwentaryzowano na terenie Białowieskiego Parku Narodowego 30 kurhanów.
W 1897 miejscowość uzyskała połączenie kolejowe z Hajnówką.
29 sierpnia 1915 wycofujące się wojska rosyjskie spaliły Białowieżę, Stoczek i Krzyże. thumb|Mieszkańcy Białowieży wracający z niedzielnego nabożeństwa, po prawej widoczna cerkiew św. Mikołaja, przed 1903 Od 30 sierpnia 1915 do grudnia 1918 roku teren Białowieży znajdował się pod okupacją II Rzeszy Niemieckiej. W Stoczku założono obóz jeniecki. W celu pozyskiwania drewna z Puszczy Białowieskiej Niemcy zbudowali w 1915 roku dwa tartaki, w Stoczku i Grudkach. Zwano je Zakładami Hindenburga i wyposażono w warsztaty, heblarnie, tokarnie i terpentyniarnię.