XX wieku uruchomiono kursy do Czernichowa.
Ostateczny podział zakładu bielskiego i żywieckiego nastąpił w 1990 roku, po wprowadzeniu nowego samorządu terytorialnego.
Od 1992 do taboru przedsiębiorstwa zaczęły być wprowadzane pojazdy wyprodukowane przez Dansk Automobil Byggeri (DAB). W okresie rozpoczęto również obsługę miejscowości Brzuśnik, Kalna oraz Przybędza. W późniejszych latach zakupione zostały autobusy marki Neoplan. W 1997 MZK obłożyło około 11 milionów pasażerów.
W 1998 roku uruchomiono pętlę (dworzec MZK) przy ul. Browarnej, nieopodal kaplicy św. Floriana. W roku 2001 istniało 13 linii komunikacji miejskiej. Autobusy docierały również do Przybędzy, Międzybrodzia Żywieckiego i Międzybrodzia Bialskiego.
W pierwszych latach XXI wieku zakład obsługiwał 16 linii, posiadających w sumie 189 kilometrów długości, prowadząc na nich 266 kursów w dni robocze oraz 156 w dni wolne. 1 stycznia 2002 MZK Żywiec stało się spółką z ograniczoną odpowiedzialnością, a niedługo po tym rozpoczęto kursowanie do Pietrzykowic.
W 2004 zainaugurowano obsługę linii przez autobusy marki Solaris. W tym samym roku uruchomiona została linia do Rychwałdu, natomiast 1 września 2009 – linia nr 10 do Bystrej.