Eksploatacja samolotów nie odbywała się bez problemów. 22 listopada 1957 roku zginęła załoga samolotu nr 0303. Przyczyną było nieusunięcie blokad sterów, które zakładano naziemnie gdy samolot stał w celu ochrony przed wiatrem. 14 lutego 1958 roku w samolocie 0704 zapalił się płyn hamulcowy w wyniku przegrzania hamulców. Strażacy zdołali ugasić tylko przednią część samolotu. Mimo to skierowano samolot do remontu. 17 września 1958 roku doszło do zniszczenia samolotu 0901 w wyniku pożaru. Gdy samolot był zatankowany do prób długodystansowych doszło do urwania łopaty silnika. Przebiła się ona do zbiorników paliwa doprowadzając do pożaru, który strawił samolot w 15 minut. Efektem było obowiązkowe zmniejszenie zużycia powietrza o 13,6% co skutkowałem spadkiem ciągu z 11 000 do 9500 kG. To tymczasowe rozwiązanie w 1959 roku zrodziło silnik WD-7B.
Od marca 1958 roku poprawiono niezawodność sterowania i efektywność środków przeciwpożarowych. Zamontowano również system który wymuszał na układzie sterowania łączność podzespołów. Pozwalał na sterowanie ręczne i umożliwiał lot z kierowaniem do 500 km/h. Poprawiono niezawodność blokowania sterów i skrócono czas na przestawienie statecznika poziomego podczas lotu. Zwiększona została też widoczność z kabiny nawigatora.