W 1979 przeżył tragedię – jego syn i współpracownik Philippe (ur. 1940) zginął w katastrofie hydroplanu. Ze swoich dwu małżeństw miał jeszcze troje dzieci: dwóch synów Jeana-Michela (ur. 1938) i Pierre’a-Yves’a (ur. 1982) oraz córkę Dianę (ur. 1980). Był człowiekiem bogatym. Mimo iż posiadał liczne apartamenty na całym świecie, najchętniej mieszkał na pokładzie starego „Calypso”. Jego aktywność nie słabła do ostatnich dni – budował nawet „Calypso II”, jeszcze nowocześniejszy od poprzedniego statek-pływające laboratorium.
W 1990 francuski kompozytor Jean Michel Jarre wydał album Waiting for Cousteau, dedykowany Cousteau za jego osiągnięcia. Rok później Cousteau zaprosił Jarre’a do współpracy w tworzeniu filmu dokumentalnego Palawan The Last Refuge. Jarre skomponował tytułowy utwór oraz wykorzystał swoje utwory z dotychczasowych albumów w ścieżce dźwiękowej filmu.
Śmierć Kapitan Jacques-Yves Cousteau zmarł 25 czerwca 1997 w wieku 87 lat. Pochowany jest w grobie rodzinnym na cmentarzu w Saint-André-de-Cubzac.
Dziedzictwo Cousteau zwykł się określać mianem oceanograficznego technika. W rzeczywistości był miłośnikiem przyrody, w szczególności morza.