Deuxieme Bureau francuskiego sztabu generalnego sił zbrojnych wydawało rozkazy zabijania osób podejrzanych o współpracę z powstańcami i palenia wiosek, co do których istniało podejrzenie, że udzielają schronienia siłom antyfrancuskim. W 1959 roku de Gaulle został wybrany prezydentem Francji. Nowa konstytucja dawała prezydentowi szersze uprawnienia. Wojna algierska trwała i powtarzały się morderstwa polityczne i społeczne dokonywane już bezpośrednio przez SDECE. W 1961 roku, gdy de Gaulle postanowił zakończyć wojnę z Algierią, spisek oficerów francuskich zagroził przewrotem we Francji. Zła sława związana z zabójstwami ciążyła nad SDECE. Konflikt zakończył się w 1962 roku, po 7 latach walk, w czasie których zginęło ok. 100 tys. Algierczyków i 10 tys. żołnierzy francuskich.