Podgatunki Według danych z 2005 roku, wyróżnia się 45 podgatunków lisa rudego. W 2010 roku wyodrębniono jeszcze jeden podgatunek z Sacramento Valley na podstawie badania haplotypu mitochondrialnego. Znane są krzyżówki między podgatunkami lisa rudego. Przykładowo lisy z Wielkiej Brytanii ekstensywnie krzyżowały się z lisami z Niemiec, Francji, Belgii, Sardynii i prawdopodobnie z lisami z Syberii i Skandynawii. Lisy europejskie krzyżowały się z amerykańskimi głównie w XVIII wieku.
Podgatunki lisa rudego dzielone są na dwie grupy: podgatunki północne – charakteryzują się dużymi rozmiarami i jaskrawo ubarwionym futrem, szare pustynne podgatunki południowe – mniejsze, o prymitywniejszej czaszce, dłuższych kończynach i większych uszach. Lisy żyjące w środkowo-wschodniej Azji wykazują cechy pośredni pomiędzy podgatunkami północnymi a południowymi.