Wkrótce szeregi obrońców zasiliło też 3 000 żołnierzy pod wodzą Richarda Farella.
Ciężkie warunki pogodowe wywołały tymczasem liczne choroby i zarazę w szeregach wojsk Cromwella. Nie powiodło się zdobycie miasta od wschodu, z uwagi na bardzo grzązką ziemię, w której grzązły działa angielskie. Dnia 10 grudnia Cromwell odstąpił od miasta i skierował się na kwaterę zimową do Dungarven. Z łącznej liczby 6500 angielskich żołnierzy zaledwie 3 000 zdolnych było do dalszego marszu. Reszta zmarła na skutech chorób. Wśród ofiar zarazy znajdował się także komendant Michael Jones.
Drugie oblężenie (czerwiec-sierpień 1650) W czerwcu 1650 r. rozpoczęło się kolejne oblężenie Waterford. Jednak już kilka miesięcy wcześniej Cromwell podjął próby izolowania miasta. Gdy w czerwcu pod miasto podciągnęły wojska Iretona, w mieście zaczęło brakować żywności. Wkrótce i tam doszło do wybuchu zarazy (podejrzewa się dżumę dymieniczną), która tygodniowo kosztowała życie 400 mieszkańców. Upadek miasta Carlow, z którego dostarczano wcześniej żywność do Waterfod, pogorszył znacznie sytuację obrońców.