Po odbiciu Kazania 2 września 1918 roku mianowany Naczelnym Dowódcą Wszystkich Sił Zbrojnych Republiki; pozostawał nim do 8 czerwca 1919 roku, zasiadając równocześnie w Rewolucyjnej Radzie Wojennej (utworzonej 6 września 1918 r.). Wspólnie z innymi członkami Rady odegrał kluczową rolę w tworzeniu regularnej Armii Czerwonej, jej sztabu, struktury (podziału na fronty, w znaczeniu grupy wojsk, i armie na wzór cesarskich sił zbrojnych), zaprowadzeniu w oddziałach porządku i dyscypliny, wprowadzeniu instytucji komisarzy politycznych i usunięciu dowódców uznanych za niepewnych.
Vācietis jako głównodowodzący Armii Czerwonej kilkakrotnie nie był w stanie wyegzekwować od innych dowódców realizowania jego koncepcji i zamiarów strategicznych. W 1919 roku Władimir Antonow-Owsiejenko, dowódca Frontu Ukraińskiego, wbrew jego zaleceniom, po zajęciu Charkowa w styczniu 1919 roku przekroczył Dniepr i kontynuował marsz na zachodnią i południową Ukrainę, zdecydowanie przeceniając swoje siły. W rezultacie dalszy marsz Armii Czerwonej na zachód i południe uzależniony był od sojuszy z lokalnymi watażkami i atamanami, a w maju 1919 roku został zahamowany przez bunt jednego z nich – Matwija Hryhorjewa.