W lipcu 1918 roku na czele strzelców łotewskich zdławił bunt lewicowych eserowców w Moskwie. Za uratowanie władz bolszewickich Vācietis został wówczas wynagrodzony kwotą 10 tysięcy rubli, a także mianowany 18 czerwca dowódcą Frontu Wschodniego, który tworzył z rozbitych oddziałów, prowadząc powszechną mobilizację mężczyzn z roczników od 1883 do 1897, zamieszkujących regiony Powołża i Uralu. Pozostawał dowódcą Frontu Wschodniego do 28 września tego samego roku.
W połowie lipca 1918 roku przygotował plan generalnej ofensywy Armii Czerwonej nad Wołgą i na Uralu, planując otoczenie obszaru między Samarą a Symbirskiem, odbicie Jekaterynburga i przecięcie połączeń kolejowych między Uralem a Wołgą. Jego plany zostały całkowicie udaremnione przez nieoczekiwany atak Ludowej Armii Komucza na Kazań 5 sierpnia 1918, gdzie znajdowała się jego kwatera główna. Czerwona 5 Armia została całkowicie zaskoczona w Kazaniu, 7 sierpnia miasto zostało zdobyte przez siły antybolszewickie, a Vācietis z trudem zbiegł w eskorcie strzelców łotewskich, gdyż część jego sztabowców przeszła na stronę wroga.