Wydaje się jednak, że najbardziej raziły nazistów kontakty Hindemitha z Żydami. W listopadzie 1934 Kulturgemeinde ogłosiła bojkot koncertów z muzyką Hindemitha. W reakcji na tę decyzję 25 listopada na łamach Deutsche Allgemeine Zeitung w obronie kompozytora stanął Wilhelm Furtwängler, który zresztą w marcu tego samego roku prowadził udaną premierę Symfonii Mateusz Malarz kompozytora. Tego wieczora w berlińskiej Staatsoper dyrygent po wejściu przed pulpit został nagrodzony dwudziestominutową owacją na stojąco. Było jasne, że Hindemith i wszystko co symbolizuje stanowi dla reżimu poważne zagrożenie. Furtwängler został wkrótce zwolniony z wszystkich stanowisk, a kompozytora skrytykował sam Goebbels. Działalność Hindemitha była coraz bardziej utrudniona, ale nie wyrzucono go z kraju. Pozwalano nawet na wykonania niektórych jego utworów, a w 1937 na zagraniczne tournée koncertowe oraz pomoc rządowi Atatürka przy przeorganizowaniu życia muzycznego w Turcji. Wkrótce jednak Hindemith wyemigrował, najpierw do Szwajcarii, a w 1940 do Stanów Zjednoczonych.