Christa Schroeder, sekretarka Hitlera i inne osoby z jego kręgu były przekonane, że Fegeleina i Evę Braun łączył co najmniej platoniczny romans.

Na polecenie Hitlera po doprowadzeniu do bunkra zdegradowany (właściwie autodegradacja – sam zerwał dystynkcje) w celu dalszego pełnienia służby liniowej jako szeregowiec. W dalszej kolejności, za namową Otto Günschego został oddany pod doraźny sąd wojenny pod przewodnictwem Wilhelma Mohnkego. Po odroczonym na kilkanaście godzin z powodu upojenia alkoholowego uproszczonym procesie skazany na karę śmierci przez rozstrzelanie.

Wyroku nie wykonano. Fegelein został nocą z 28 na 29 kwietnia 1945 wyprowadzony z miejsca osadzenia pod pozorem doprowadzenia na widzenie z Hitlerem, a następnie zastrzelony strzałem w plecy, oddanym poprzez konwojującego go agenta RSD w ogrodach Kancelarii RzeszyNiektórzy badacze twierdzą, że sposób pozbycia się Fegeleina wskazuje na to, że żadnego procesu nie było, a jedyne jego świadectwo jako pochodzące od samego Mohnkego, a więc zainteresowanego w wybieleniu się, było w całości fałszywe.

Jego bratem był Waldemar Fegelein – dowódca 37 Ochotniczej Dywizji Kawalerii SS.