Ranny, po odbytej rekonwalescencji, od 1 stycznia 1944 był oficerem łącznikowym Waffen-SS przy Głównej Kwaterze Wodza. 3 czerwca 1944 powodowany jedynie względami kariery zawodowej ożenił się w Salzburgu z Margarete (Gretl) Braun, siostrą Evy, wieloletniej partnerki (a na krótko przed śmiercią żony) Hitlera. Przyjęcie weselne odbyło się w willi Hitlera na Kehlsteinie, a w prezencie ślubnym Hitler mianował go generałem dywizji Waffen-SS.
25 kwietnia 1945 Fegelein opuścił potajemnie bunkier Hitlera pod Kancelarią Rzeszy prawdopodobnie z zamiarem ucieczki do neutralnej Szwajcarii. Po tym jak telefonicznie usiłował nakłonić Evę Braun do ucieczki z Berlina, odnaleziono go 27 kwietnia w stanie ciężkiego upojenia alkoholowego w jego berlińskim mieszkaniu w towarzystwie niezidentyfikowanej rudowłosej kobiety (prawdopodobnie agentki brytyjskiej zatrudnionej w poselstwie tureckim). W trakcie aresztowania przez szefa Dienststelle I RSD, Petera Högla, znaleziono przy nim torby z pieniędzmi, klejnotami oraz fałszywymi paszportamiAntony Beevor, Berlin 1945. Upadek, Znak Horyzont, 2015, s. 445..