Ochrona i edukacja Manat afrykański jest gatunkiem chronionym na całym obszarze występowania. Został umieszczony na liście załącznika II CITES jako gatunek narażony. Ze względu na trudności w dostępie do terenów jego występowania ochrona tego gatunku respektowana jest w niewielkim stopniu. Na terenie niektórych krajów, w których żyją manaty, prowadzone są badania i podejmuje się działania z zakresu ochrony biernej i czynnej (w formie rozmnażania w niewoli i reintrodukcji na terenie parku narodowego Djoudj w Senegalu). Brak jednak informacji o rozmnożeniu manata afrykańskiego w niewoli. Na terenie niektórych krajów organizacje pozarządowe włączają ludność lokalną w czynną ochronę manatów. W Senegalu organizacja Océanium koordynuje przenoszenie manatów z obszarów odciętych zaporami rzecznymi do wód otwartych. thumb|Manat afrykański w oceanarium w japońskim Toba W 2008 na terenie Senegalu, Gwinei – Bissau, Wybrzeża Kości Słoniowej, Kamerunu i Gabonu wydano książkę zatytułowaną Mieux connaître le Lamantin ouest africain Trichechus senegalensis (pol. Poznaj lepiej manata afrykańskiego). Książka jest przeznaczona dla uczniów szkół podstawowych i ma na celu poprawienie wiedzy na temat tego gatunku w krajach, w których występuje.